Pemerintah memiliki program afirmasi pendidikan menengah untuk anak-anak papua. SMA Negeri 2 Semarapura ikut andil bagian di dalamnya dan sudah dapat mengikuti pembelajaran dengan baik. Hingga saat ini sudah ada tiga angkatan berturut-turut, angkatan pertama yaitu 2 orang siswa Papua pada tahun ajaran 2013/2014 yang kini duduk di kelas XII. Tahun ajaran berikutnya (2014/2015) Smadara menerima 3 orang siswi lagi yang berasal dari Provinsi Papua dan angkatan yang ketiga (2015/2016) mendapat 5 orang siswa-siswi Papua yang terdiri dari 4 orang laki-laki dan 1 orang perempuan yang berasal dari Papua Barat. Program ini bertujuan untuk mencerdaskan putra putri Papua yang nantinya akan berguna bagi nusa dan bangsa.